Charlie Hebdo seçkisinin yayınlanması kararıyla birlikte Cumhuriyet'te derinleşen kriz, gazeteyi ulusalcılara teslim ettiği eleştirileri nedeniyle 2014 Eylül'ünde yayın yönetmeni olan Utku Çakırözer'i görevinden etmişti.

Kriz sırasında Yayın Koordinatörü Murat Sabuncu ve Yazıişleri Müdürü Ayşe Yıldırım Başlangıç da istifalarını sunmuş, ayrılığın kararının birlikte alındığı düşünülmüştü. Oysa Sabuncu'nun da Yıldırım'ın da istifa kararları Çakırözer'den bağımsız olarak alınmıştı. Hatta istifanın ardından Sabuncu'nun tekrar gazeteye döneceği, hatta Yayın Yönetmenliği koltuğuna da oturabileceği kulislerde söyleniyordu.  

Fakat, gazete yönetimi kararını verdi ve gazetenin başına Can Dündar'ı getirdi. Yeni yayın yönetmeni ile birlikte Sabuncu ve Yıldırım'ın da görevlerine dönmeleri bekleniyor.