12 Mart muhtırası öncesinde TSK içinde ayrı bir yapılanma oluşturduğu gerekçesiyle o dönem tutuklanan Gürkan, askeri törenle son yolculuğuna uğurlandı. 96 yaşında vefat eden Gürkan’ın cenaze törenine Genelkurmay Plan ve Prensipler Başkanı Korgeneral Alpaslan Erdoğan, karargahta görevli çok sayıda üst rütbeli subay ve general katıldı. Cenaze namazının kılınmasının ardından Gürkan’ın naaşı top arabasına konularak yapılan askeri tören sonunda Cebeci Mezarlığı’na götürüldü.

Gürkan, 12 Mart 1971 muhtırasından hemen sonra Genelkurmay Başkanı Memduh Tağmaç tarafından emekliye sevk edildi. Gürkan, o dönem başından geçenleri anlattığı "12 Mart’a Beş Kala” adlı kitabında gözaltına alınarak götürüldüğü Ziverbey Köşkü’ndeki işkencelerden de bahsediyordu. 1972’de "Bomba davası” adı verilen soruşturma kapsamında polis müdürlerinden doktorlara, bürokratlardan emekli askerlere kadar çok sayıda kişi gözaltına alınıp, anayasal düzeni yıkmak iddiasıyla tutuklanmıştı. Sanıklar Boğaz köprüsünü havaya uçurmak ve bombalı saldırılar düzenlemekle de suçlanıyordu. 18 Mayıs 1974’de yürürlüğe giren genel af kanunu ile dava düştü.